Οι ελιές συλλέγονται με τα χέρια ή με τίναγμα του δένδρου με ραβδισμό ή με μηχανήματα. Μετά τη συλλογή ο καρπός μεταφέρεται το συντομότερο στο ελαιοτριβείο ώστε να αποφευχθεί η ζύμωση και η ανάπτυξη μούχλας που υποβαθμίζει την ποιότητα του ελαιολάδου. Στα ελαιουργεία η επεξεργασία αρχίζει με το ζύγισμα, τον διαχωρισμό και το πλύσιμο των ελιών. Ακολουθεί η μάλαξη του πολτού της ελιάς, με ανάδευση επί μισή ή μία ώρα σε συσκευές που λέγονται “μαλακτήρες”. Εκεί μπορεί να γίνεται και θέρμανση της ελαιόμαζας για να βελτιωθεί η απόδοση σε λάδι. Για καλής ποιότητας ελαιόλαδο η μάλαξη γίνεται “εν ψυχρώ”, δηλαδή σε θερμοκρασία δωματίου.
Μετά τη μάλαξη, με τη βοήθεια ισχυρών υδραυλικών πιεστηρίων, εξάγονται τα υγρά της ελιάς, που είναι μείγμα ελαιολάδου με υδαρή συστατικά του καρπού. Ο διαχωρισμός των υγρών από τα στερεά γίνεται με φυγοκέντρηση σε συσκευές που ονομάζονται “ντεκάντερ”. Το στερεό υποπροϊόν που μένει ονομάζεται “πυρήνας”. Τα υγρά που λαμβάνονται από το ντεκάντερ (βασικά μείγμα νερού και λαδιού) οδηγούνται σε έναν ή περισσότερους φυγοκεντρικούς διαχωριστήρες όπου το λάδι διαχωρίζεται από το υδαρές τμήμα λόγω διαφοράς στην πυκνότητα. Τα υδαρή συστατικά που αποβάλλονται ονομάζονται κοινώς “κατσίγαρος” και είναι σκούρου καφέ χρώματος και χαρακτηριστικής οσμής.
Τα στερεά απόβλητα λέγονται κοινώς “πυρήνας” ή κοινώς “λιοκόκι”. Αυτός αποτελείται από κυτταρινούχες ουσίες από το κουκούτσι, τη σάρκα και το φλοιό της ελιάς. Ο πυρήνας περιέχει ένα σημαντικό ποσό ελαιολάδου το οποίο λαμβάνεται με φυσικοχημικές μεθόδους στα πυρηνελαιουργεία. Το παραγόμενο ελαιόλαδο δεν λέγεται πλέον “παρθένο ελαιόλαδο” και διατίθεται στην κατανάλωση μόνο ως μείγμα με παρθένο. Είναι η κατώτερη από τις κατηγορίες βρώσιμου ελαιολάδου που διατίθενται στην αγορά.
Από την επεξεργασία του πυρήνα απομένει η ξηρή ουσία ή “πυρηνόξυλο” που συνήθως χρησιμοποιείται ως καύσιμο, συχνά επιστρέφοντας στα ελαιοτριβεία τα οποία χρειάζονται αρκετή ενέργεια για θέρμανση του νερού. Ο πυρήνας μπορεί να χρησιμοποιηθεί και ως λίπασμα ή και ζωοτροφή.